随着创客实验室从社会逐步延伸至校园，创客实验室与创客空间的定位有所不同。对于学校教育而言，创客实验室的价值在于创意的成型与商业化，其重点是创造一个环境培育学生的创客思维，追求的不是一个思想结果，而是一个思维过程。因此，学校创办一个符合学校教育需求的创客实验室，去照搬现在商业社会的创客模式并不合适。校园创客实验室主要定位的主题偏向智能机器人、Arduino、3D打印、手工制作、激光切割等。
实验室的位置应该合理，例如，选择灰尘小、震动的地方。外壳结构应考虑防震、防尘、防潮，且绝缘性好，光线充足，每个工作室的布局原则是限制样品的流通面积，缩短样品流量行程，尽量减少流动（样品）和人员线路交叉。对限制人员进入的实验区或室应在其明显部位或门上设置警告装置或标志。对贮存室除应设置警告装置或标志外，还应设有防火、防盗及报警装置等设施。
准备室准备室，用于准备培养基和样品处理。室内试剂柜、用于存放器具或材料的计数器、试验台、电炉、冰箱和水和污水、电源等。用于洗涤用具等的洗手间洗涤室有时会出现病原微生物，因为用过的器具已被微生物污染。实验室设计前应根据该实验流程来确定仪器的种类、数量、规格型号、外形尺寸、电压功率等参数以及摆放位置，设计师针对性的做出仪器电源、给排水、供气、纯净水以及排风管道接口的设计。
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